Realizzata per la Comunità di San Giovanni in Persiceto dopo aver eseguito la pala per l’altare della stessa nella collegiata di San Giovanni Battista, la tela è entrata in Pinacoteca a seguito delle soppressioni e nonostante le ripetute richieste della municipalità della cittadina emiliana per riaverla, l’opera è sempre rimasta nel museo bolognese. Purtroppo lo stato conservativo non permette di apprezzare appieno la raffinatezza dei toni, ancora visibile nel delicato angelo che suggerisce il testo a san Matteo.

Il grande dipinto, che mostra un'interpretazione in chiave plastica dei modelli carracceschi, fu forse la prima importante opera pubblica commissionata all'artista prima del 1608.

Destinata alla chiesa di San Giovanni in Monte, fu commissionata dalla famiglia Ratta nel 1617 e conclusa tra il 1621 e il 1625.
La composizione molto studiata e complessa (numerosi disegni preparatori si trovano a Parigi presso il Louvre e a Windsor Castle) incontrò apprezzamenti presso i contemporanei, ma sollevò anche polemiche, soprattutto a causa dell'oscurità dei simboli e del significato delle scene raffigurate nella zona inferiore.
Trasportata a Parigi in età napoleonica (1796), fu restituita nel 1815.

Commissionato il 19 dicembre 1668, il dipinto fu collocato nella cappella Davia della chiesa di Santa Lucia dei Gesuiti vari anni dopo, il 9 giugno 1680 come ricordano testimonianze antiche, anche contemporaneee.
Costituisce un esempio tra i più nobili della tradizione accademica della pittura bolognese del Seicento.

La monumentale pala d’altare col Martirio di Sant’Agnese, commissionata da Pietro Martire Carli per il convento di Sant’Agnese a Bologna, fu iniziata da Domenichino nel 1619 e conclusa a Roma, dove l’artista si era recato nel 1621.

In questa tela complessa l’artista si conferma come il più importante rappresentante dell’ideale classico seicentesco che espresse magnificamente in opere eseguite tra Bologna, Roma e Napoli.

La composizione è organizzata su due piani sovrapposti, quello terreno e quello celeste, secondo lo schema tradizionale. In alto, immersa in una luce viva, appare la Trinità, circondata da un coro di graziosi angeli musicanti.

I sei differenti strumenti suonati dagli angeli, tutti descritti minuziosamente, testimoniano la grande passione di Domenichino per la musica.

In basso, è rappresentato il martirio della santa, al quale assistono oltre ai soldati, alcune donne. Sullo sfondo, moltissime figure si affacciano dall’alto di una loggia, tra le cui colonne si scorge in lontananza la campagna.

La giovanissima martire è descritta mentre muore trafitta alla gola su ordine di Aspasio, vicario del prefetto, il cui figlio era stato respinto da Agnese già votata alla castità.

Domenichino, pur rappresentando una scena violenta di supplizio, evita ogni tono troppo cruento e stempera col suo stile classico la concitazione del dramma: l’idea di martirio viene espressa sottolineando la differenza tra la figura della vittima e quella del carnefice che affonda con decisione il pugnale nella gola della santa, mentre con la mano sinistra le stringe con forza i lunghi capelli.

La santa, invece, col suo sguardo estatico è già rivolta alla visione del paradiso e alla promessa di salvezza eterna, suggellata dalla presenza dell’angelo che sta ricevendo dalle mani di Cristo la palma del martirio.

In primo piano, vicino al rogo, a cui la Santa era miracolosamente sopravvissuta, sono riversi a terra i corpi di due uomini probabilmente identificabili con due carnefici.

Il dipinto, come attestato da una scritta sul retro, fu commissionato da una suora del monastero di San Giovanni Battista, Alessandra Ratta, e fu collocato in chiesa il 17 giugno 1604.
Opera monumentale, si situa dopo il viaggio romano (1602) e rivela nella pacatezza della disposizione delle figure come nel disegno un ritmo più solenne e misurato.