La seconda saletta dedicata al tardo gotico è caratterizzata dalla presenza di tre crocifissi collocati sulla parete sinistra.

Al momento più alto dell’opera di Michele di Matteo – tra 1430 e 1435 – appartiene il primo dei Crocifissi, eseguito forse per San Francesco, al cui modello si collega il Crocifisso successivo, più tardo e monumentale.

Il terzo Crocifisso, che conclude la serie, è attribuito a Giovanni Martorelli.

Tra i Crocefissi, troviamo alcune tavole: San Giovanni Battista e San Girolamo, attribuite a Giacomo di Nicola, dal Duomo di Recanati (1433), la Madonna dell’Umiltà, forse del fiorentino Maestro di Montefloscoli (1425 - 1430) e un Sant’Ubaldo di scuola marchigiana.

Due dipinti: il trittico per San Girolamo di Miramonte e la Madonna in trono col Bambino tra santi, testimoniano invece l’attività tarda di un altro protagonista del tardogotico a Bologna e del cantiere petroniano Pietro di Giovanni Lianori.