La Pinacoteca Nazionale di Bologna, assieme all’Accademia di Belle Arti, è ospitata negli spazi dell’ex noviziato gesuitico e chiesa di Sant’Ignazio, costruiti tra il 1728 e il 1735 su progetto dell’architetto bolognese Alfonso Torreggiani. Dopo l’ingresso delle truppe napoleoniche a Bologna, nel 1796, e la soppressione degli ordini religiosi, l’Accademia Clementina, con il nuovo nome di Accademia di Belle Arti, iniziò a raccogliere numerosi beni provenienti dagli enti soppressi; la necessità di spazi più ampi portò nel 1803 al trasferimento da Palazzo Poggi, divenuto sede dell’Università, al vicino complesso di Sant’Ignazio.

Nel vano dello scalone da cui si accede alle sale espositive, frutto della sistemazione dell’edificio e adattamento alle funzioni di museo realizzati nel corso degli anni Sessanta del secolo scorso sotto la direzione dell’architetto Leone Pancaldi, in origine si trovava la cappella del convento. A ricordare l’originaria destinazione dell’ambiente sulla volta del soffitto è ancora visibile l’affresco raffigurante la Gloria di sant’Ignazio, il santo fondatore della Compagnia di Gesù, del pittore gesuita Giuseppe Barbieri, seguace di Andrea Pozzo.

Nel cortile interno vi è la cisterna in arenaria realizzata da Francesco Morandi detto il Terribilia nel 1587 e trasferita nel 1886 dal Giardino dei Semplici del Palazzo Comunale, in occasione dei lavori di costruzione dell’attuale Sala Borsa.