Il museo nasce nel 1808 come quadreria dell’Accademia di Belle Arti, l’istituto d’istruzione sorto dalle ceneri della settecentesca Accademia Clementina. L’antico nucleo, proveniente dall’Istituto delle Scienze, viene arricchito dalla straordinaria raccolta di quasi mille dipinti frutto delle soppressioni di chiese e conventi compiute dopo l’ingresso delle truppe napoleoniche a Bologna, tra il 1797 e il 1810
La Pinacoteca conosce per tutto l’Ottocento un forte incremento di sale e di opere: frutto delle soppressioni del 1866 attuate dal nuovo stato italiano, ma anche di lasciti e acquisizioni.
I maggiori incrementi spaziali si ebbero nel 1914/1920, con l’aggiunta del Corridoio che conduce alla grande sala ottagonale (opera dell’architetto Edoardo Collamarini, sotto la direzione di Francesco Malaguzzi Valeri), e nel secondo dopoguerra con la costruzione del Salone del Rinascimento.
L’ultimo adeguamento del percorso espositivo (concluso nel 1974) si deve invece all’architetto Leone Pancaldi sotto la guida dell’allora direttore Cesare Gnudi: fu in questa occasione che si ricavò l’attuale scalone d’accesso nello spazio dell’antica cappella detta del Noviziato, affrescata con la “Gloria di sant’Ignazio” dal pittore gesuita Giuseppe Barbieri.
L’itinerario di visita si snoda a partire dalle ricche testimonianze del Trecento bolognese, con opere dello Pseudo Jacopino, di Vitale e di Simone dei Crocefissi, senza dimenticare la significativa presenza del polittico di Giotto. Per questo primo tempo della pittura bolognese è di particolare rilievo la sezione dedicata agli affreschi provenienti dalla chiesetta di S. Maria di Mezzaratta, ricomposti secondo la struttura architettonica originale.
Il Rinascimento è testimoniato dai ferraresi Francesco del Cossa con la “Pala dei Mercanti” ed Ercole Roberti col piccolo frammento della cappella Garganelli in S. Pietro e dal bolognese Francesco Francia, con numerose pale d’altare.
Procedendo dal capolavoro dell’”Estasi di santa Cecilia” dipinto per Bologna da Raffaello, il percorso giunge - dopo le opere di Parmigianino (la cosiddetta “Pala di S. Margherita”) e del Passerotti - alla riforma di fine Cinquecento, testimoniata dalla folta produzione dei Carracci, all’interno della quale vanno almeno citate la “Comunione di san Girolamo” di Agostino la “Pala di san Ludovico” di Annibale, l’”Annunciazione” e la “Madonna Bargellini” di Ludovico.
Seguono poi i capisaldi del Seicento emiliano con opere di Guido Reni, fra i cui capolavori vanno segnalati la “Strage degli innocenti” e la cosiddetta “Pala del voto”; con le tre straordinarie pale di Domenichino raffiguranti “Il martirio di sant’Agnese”, la “Madonna del Rosario” e il “San Pietro martire”; il “Battesimo di Cristo” di Francesco Albani; il “Compianto su Cristo” di Alessandro Tiarini, “Sebastiano curato da Irene” e “Vestizione di san Guglielmo”, di Guercino.
L'itinerario si conclude col Settecento multiforme - volta a volta aristocratico e popolare - di Giuseppe Maria Crespi (ne ricordiamo la “Fattoria” e l’”Autoritratto”); di Donato Creti (le due “Tombe allegoriche”) e dei fratelli Gaetano e Ubaldo Gandolfi.
