La grande sala è incentrata su due pale che, entrambe eseguite per la chiesa di San Giovanni in Monte a Bologna, uno dei luoghi preferiti dalla nuova committenza di primo cinquecento, ebbero larga suggestione sulla pittura dei decenni successivi: la Madonna col Bambino in gloria e i Santi Giovanni Evangelista, Apollonia, Caterina d'Alessandria e Michele Arcangelo del Perugino e l’Estasi di Santa Cecilia di Raffaello.

Insieme ai due grandi capolavori del classicismo rinascimentale centro-italiano, troviamo poi altre opere, legate alla cultura classica toscana e più particolarmente fiorentina di primo Cinquecento, con cui i rappresentanti della «nuova» arte bolognese nei primi decenni del nuovo secolo interagiranno più o meno direttamente.